案件管理課
掌理汽（機）車、駕駛人違反道路交通管理事件收件審查、入案管理、案件移轉、退件處理及資料管理等有關事項。
違規裁罰課
掌理汽（機）車、駕駛人違反道路交通管理事件裁罰、處分執行及逕行裁決等有關事項。
違規申訴課
掌理汽（機）車、駕駛人違反道路交通管理事件陳述、行政訴訟及退款等有關事項。
積案催收課
掌理汽（機）車、駕駛人違反道路交通管理事件催收、移送強制執行及債權憑證之管理等有關事項。
資訊室
全國公路監理系統伺服器主機及網路管理、公路監理系統挑檔作業、裁決機房維運及管理、軟體系統之開發與應用、資訊安全管理、稽核與防護、辦理其他電腦資訊業務等有關事項。
秘書室
掌理文書、檔案、出納、總務、財產管理與研考業務及不屬於其他各單位事項。
會計室
辦理歲計、會計及統計等事項。
人事室
依法辦理人事管理事項。
政風室
依法辦理政風事項。